關(guān)于商標轉(zhuǎn)讓中屬于企業(yè)內(nèi)部自身問題所造成的糾紛屬于民事法律糾紛的范疇，通常需要當事人自己通過司法訴訟程序來予以，來解決維護自己的權(quán)益。而商標局作為行政主管部門，一般不會介入。但是，如果該商標轉(zhuǎn)讓申請還處在商標局轉(zhuǎn)讓審查進程中的，為便于當事人主張自己的權(quán)利，對于這類商標轉(zhuǎn)讓糾紛，商標局會給于當事人一個合理的時限，當事人應(yīng)該盡快通過司法訴訟來主張權(quán)利，超過該時限，商標局仍然會繼續(xù)進行相應(yīng)的正常商標轉(zhuǎn)讓審查程序。
一旦商標轉(zhuǎn)讓申請被商標局核準公告后，則該商標轉(zhuǎn)讓行為已經(jīng)事實產(chǎn)生法律效力。涉及到法律權(quán)限問題，當事人只能通過法院的申請證據(jù)保全措施來暫時凍結(jié)該商標轉(zhuǎn)讓后的權(quán)利實施，并通過訴訟書程序來解決相關(guān)商標轉(zhuǎn)讓糾紛。 ? ?對于假冒、偽造的商標非法轉(zhuǎn)讓問題，則需要通過當?shù)氐墓膊块T以偽造印章、文書，非法侵占財產(chǎn)等進行刑事鑒定，然后通過司法程序解決。
對于商標局作出的“不予受理”、“不予核準”等等行政決定的行政糾紛，可以向國家工商總局進行反映或者行政復(fù)議，或者行政訴訟等途徑解決。 ? ?注冊商標的轉(zhuǎn)讓只有在核準公告之日起商標受讓人才擁有該被轉(zhuǎn)讓商標的全部法律權(quán)益，而在注冊商標轉(zhuǎn)讓核準公告之前，被轉(zhuǎn)讓商標的實際權(quán)益仍然屬于商標轉(zhuǎn)讓人。因此，關(guān)于商標在轉(zhuǎn)讓申請審查進行中的商標權(quán)益問題，只能通過商標轉(zhuǎn)讓雙方事先在商標轉(zhuǎn)讓合同中進行相應(yīng)的權(quán)利約定。
為保護雙方利益，在商標申請前，商標轉(zhuǎn)讓人與受讓人最好能夠簽訂一份轉(zhuǎn)讓協(xié)議，協(xié)議中把上面列出的可能會涉及到的問題都一一做出說明，并到當?shù)氐墓C處做出公證。